Mot Babylon
Aleksander dro nordover igjen mot Babylon med en hær på 40 000 soldater
og et kavaleri på 7000 mann.
Da han krysset Tigris og Eufrat, så møtte han Dareios som ledet en meget stor
hær. 1. oktober 331 f.Kr. slo Alexander denne hæren i slaget på slettene ved
Gaugamela. Kong Dareios flyktet med sine generaler til de nordlige provinsene,
men Alexander tok han igjen ved Süsa . Her ble kong Dareios og hans menn
slaktet ned. Perserkongen ble gravlagt i kongegravene nær Perserpolis.
Aleksander opptrådte nå som perserkongens egen arving. Snart underkastet hele
riket seg for Aleksander. Nå ble Babylon og Süsa erobret. Aleksander svidde av
disse byene som hevn fordi at perserne tidligere brente Akropolis under
perserkrigene.

Midtvinters dro Aleksander mot Persepolis for å erobre den persiske
hovedstaden. Han tok skattene i byen før han brente ned hovedstaden til
grunnen. Aleksander fant store mengder sølv og gull i perserkongens
skattkammer. Disse enorme verdiene ble satt i omløp for å styrke handelen. Han
hadde brukt tre år på å erobre hele Sentral Asia.
Aleksander fikk perserne til å samarbeide ved å likestille dem med
makedonere og hellenere. Han opptok dem som soldater i hæren sin. De fikk
også viktige embeter som f.eks det å være stattholder. Dette irriterte hans
egne soldater og offiserer. De hadde dratt ut på erobringstokt sammen med
Aleksander for å vinne ære, makt og rikdom. Da det gamle persiske hoffet fikk
tilbake sine gamle privilegier, så begynte en del greske og makedonske
offiserer på å planlegge og drepe Aleksander. Men drapsforsøket ble forhindret.